Другие статьи

Цель нашей работы - изучение аминокислотного и минерального состава травы чертополоха поникшего
2010

Слово «этика» произошло от греческого «ethos», что в переводе означает обычай, нрав. Нравы и обычаи наших предков и составляли их нравственность, общепринятые нормы поведения.
2010

Артериальная гипертензия (АГ) является важнейшей медико-социальной проблемой. У 30% взрослого населения развитых стран мира определяется повышенный уровень артериального давления (АД) и у 12-15 % - наблюдается стойкая артериальная гипертензия
2010

Целью нашего исследования явилось определение эффективности применения препарата «Гинолакт» для лечения ВД у беременных.
2010

Целью нашего исследования явилось изучение эффективности и безопасности препарата лазолван 30мг у амбулаторных больных с ХОБЛ.
2010

Деформирующий остеоартроз (ДОА) в настоящее время является наиболее распространенным дегенеративно-дистрофическим заболеванием суставов, которым страдают не менее 20% населения земного шара.
2010

Целью работы явилась оценка анальгетической эффективности препарата Кетанов (кеторолак трометамин), у хирургических больных в послеоперационном периоде и возможности уменьшения использования наркотических анальгетиков.
2010

Для более объективного подтверждения мембранно-стабилизирующего влияния карбамезапина и ламиктала нами оценивались перекисная и механическая стойкости эритроцитов у больных эпилепсией
2010

Нами было проведено клинико-нейропсихологическое обследование 250 больных с ХИСФ (работающих в фосфорном производстве Каратау-Жамбылской биогеохимической провинции)
2010


C использованием разработанных алгоритмов и моделей был произведен анализ ситуации в системе здравоохранения биогеохимической провинции. Рассчитаны интегрированные показатели здоровья
2010

Специфические особенности Каратау-Жамбылской биогеохимической провинции связаны с производством фосфорных минеральных удобрений.
2010

Пептидные последовательности для белок-белковых взаимодействий скользящего зажима

Антибиотическая резистентность патогенных микроорганизмов на сегодняшний день становится все более опасной проблемой во всем мире, вместе с тем возрастает необходимость в разработке новых антибактериальных мишеней. C момента открытия скользящих зажимов у бактерий было проведено большое количество исследований, в ходе которых открылись его неповторимые свойства — способность связываться с ДНК и увеличивать активность и эффективность белков репараций и репликации, что подчеркивает его большую роль в поддержании устойчивости бактерий к повреждениям ДНК. В настоящий момент количество белков-партнеров, с которыми скользящий зажим способен создавать функциональные комплексы продолжает расти, и потому β-зажим является объектом для внимания как потенциальное решение для поиска новых антибиотиков. В обзорной статье приведены некоторые исследования, освещающие его строение, структуру и механизм действия, а также его способность образовывать комплексы со многими белками-партнерами с помощью уникального мотива связывания β-зажима, который является консервативным и аналогичен для всех белков-партнеров.

Введение

Скользящий зажим — это особый олигомерный белковый комплекс, являющийся субъединицей ДНК-полимераз и имеющий форму кольца молекулярной массой ~82 кДа [1–3]. Они обнаружены практически у всех организмов, включая некоторые вирусы, и называются ядерным антигеном пролиферирующих клеток (PCNA) у эукариот и β-зажимом у прокариот [4]. И хотя во всех этих трех структурах жизни кольцевые зажимы не имеют гомологии в аминокислотных последовательностях, по строению и структуре они практически идентичны. У бактерий скользящий зажим является димером, он состоит из двух β-субъединиц, откуда и получил свое название β-зажим. У архей и эукариот зажимы являются тримером из трёх молекул PCNA. Фаг Т 4 также имеет тримерную структуру зажима и называется gp45 [5].

По своей природе скользящие зажимы являются важнейшим кофактором процессивности полимеразы, увеличивая скорость присоединения нуклеотидов к растущей цепи в тысячи раз. Во время репликации ДНК необходимо точно синтезировать до миллиарда нуклеотидов за короткий период времени, но связь между полимеразой и матрицей достаточно неустойчива и потому репликативные ДНК-полимеразы сами по себе непрерывно синтезируют всего несколько нуклеотидов, прежде чем отпадают из матрицы. Чтобы увеличить степень процессивности для эффективной репликации, ДНК- полимеразы связываются с кольцевыми скользящими зажимами, которые при помощи своей кольцевой формы способны плотно охватить матричную ДНК и крепко удерживать полимеразу, тем самым предотвращая ее диссоциацию от ДНК. Это также указывает на то, что белок — белковое взаимодействие между ДНК, скользящим зажимом и полимеразой более специфично по сравнению с тем, когда ДНК взаимодействует только с полимеразой. Однако, несмотря на это, скользящий зажим, в отличие от других субъединиц, не прикреплен к полимеразе на постоянной основе [4].

Для того, чтобы загрузить замкнутую кольцевую структуру скользящего зажима на ДНК, необходим специальный механизм, способный катализировать временное открытие, сборку и замыкание вокруг ДНК. Такую работу выполняет мультисубъединичный фермент из семейства АТФаз– погрузчик β-зажима (clamp loader). Погрузчик скользящих зажимов (фактор репликации С у эукариот) использует АТФ для размыкания скользящих зажимов и размещения их вокруг 3'-конца матрицы. Помимо этого, погрузчик β-зажимов направляет их на участки инициации синтеза ДНК, а также помогает во взаимодействии β-зажима с ДНК-полимеразами [5].

Не так давно ряд открытий позволил узнать, что, помимо взаимодействия с полимеразой, скользящие зажимы могут участвовать в процессах репликации, модификации и репарации ДНК, связываясь и с другими белками на ДНК (помимо PolS). Опосредует эту связь у белков-партнеров линейный мотив, состоящий из пяти аминокислотных остатков с консенсусной последовательностью QL[SD] LF [1–3].

Универсальный CBM-мотив у прокариот

С β-зажимом образуют комплекс многие репарационные и полимеразные белки, такие как DnaE, PolC, PolIV (DinB), PolV, PolI, MutS, UmuC, DinB1, MutL, XthA, ДНК лигаза и Hda. Все эти белки имеют универсальный β-зажим-связывающий мотив (clamp-binding motif, CBM) с консенсусной последовательностью QL [SD] LF, чаще всего расположенный на С- или N- концах и иногда внутри белка. Данный мотив играет решающую роль в образовании стабильных физических и функциональных связей с β-зажимом. Главным образом, это гидрофобные ароматические аминокислоты, которые связываются с комплементарными остатками, преимущественно на пептид-связывающем кармане (PBG) и реже на С-конце кольцевого зажима [6].

В работе [6] авторы выровняли области, содержащие консенсусные аминокислотные последовательности 250 белков-партнеров кольцевого зажима. Белки-партнеры относились к 6 разным семействам PolB (15 примеров), PolC (22 примера), DnaE1 (72 примера), DinB1 (62 примера), UmuC (20 примеров) и MutS1 (59 примеров) эубактерий, эукариот и архей. Результат показал некоторое сходство между связывающими мотивами эубактериальных и эукариотических систем. Подчеркивается наличие высокого уровня сохранения Gln в первой позиции — данная аминокислота встречалась с частотой 76,4 %, и очень редко заменялась Glu (1,6 %), далее Leu, которая встречалась в 41,6 % во второй позиции, в третьей позиции это были Ser (34 %) и Asp (22,8 %), четвертая и пятая позиции отдавали предпочтение Leu (81,2 %) и Phe (76,8 %). Таким образом, авторы вывели консенсусную последовательность — QL [SD] LF. Примечательно то, что белок репарации ошибочного спаривания MutS1 не содержит совпадений с CBM-мотивом, в то время как его эукариотический аналог способен связыватся с PCNA [6– 8].

В исследовании [9] авторы создавали in vivo и in vitro комплексы между эндонуклеазой MtbXthA и зажимом Mtbβ-Clamp. XthA участвуют в начальной и конечной стадиях эксцизионной репарации оснований бактериальной ДНК (BER). В ходе выравнивания последовательностей MtbXthA с его AP- эндонуклеазными гомологами у других бактерий рядом с сайтом связывания ДНК был установлен мотив 239QLRFPKK245, который соответствовал консенсусной последовательности в работе [6]. Для его подтверждения авторы использовали мутант MtbXthAPIP, который содержал мутацию F242S в предполагаемом мотиве. C помощью флуоресцентного анализа была измерена его аффинность связывания с Mtbβ-Clamp, впоследствии чего авторы наблюдали уменьшение степени сродства между белками. Это подтвердило, что предполагаемый мотив, а именно F242, играет важную роль во взаимодействии между двумя белками, и наличие мутации в данном мотиве нарушает связывание. Кроме того, эксперимент при стандартных условиях реакции со стимуляцией эндонуклеазной и экзонуклеазной активности MtbXthA посредством добавления Mtbβ-Clamp показал, что кольцевой зажим приводит к 75 % расщеплению ДНК субстрата при эндонуклеазной активности, а без кольцевого зажима — MtbXthA расщеплял субстрат на 15 %. При экзонуклеазной активности MtbXthA в комплексе с кольцевым зажимом расщеплял субстрат на 65 %, без кольцевого зажима лишь на 11 %. Еще один проведенный эксперимент в этой работе также показал, что Mtbβ-Clamp способен взаимодействовать с MtbXthA, как через бороздку связывания пептида (PBG), локализированный у Mtbβ-Clamp на субсайте I, так и через С-конец cубсайта III. Так, в присутствии ДНК-субстрата комплекс образовался непосредственно через С-конец, в отсутствие ДНК белки взаимодействовали через PBG, что указывает на то, что у β-Clamp, как и у его эукариотического аналога PCNA есть множественные способы взаимодействия с белками-партнерами [9].

В исследованиях, где каталитическая субъединица ДНК-полимеразы V транслезионного синте- за-UmuC E. coli взаимодействует с β-зажимом, был подтвержден CBM-мотив–357QLNLF361, который ранее был идентифицирован в [6]. UmuC в комплексе с UmuD'2 образуют «склонную к ошибкам» ДНК-полимеразу V, являющуюся важнейшей частью SOS-системы и обладающей сильным мутагенным потенциалом, который, в свою очередь, обеспечивает устойчивость бактерий к антибиотикам. Линейное выравнивание показало, что у PolV предполагаемый мотив находится внутри белка, а не на С-конце. Для его подтверждения авторы инкубировали синтетический меченый пептид, содержащий CBM-мотив–357QLNLF361 с β-зажимом, впоследствии чего образованный комплекс был кристаллизирован и идентифицирован методом гель-фильтрации. Сравнение мотивов связывания кольцевого зажима у Pol II, Pol III, Pol IV c UmuC показало, что UmuC демонстрирует уникальное различие: в отличие от других полимераз, его консервативный Phe-361 не попадает в пептид-связующий карман зажима, но это компенсируется взаимодействием между Asn–359 из UmuC и Arg–152 на поверхности зажима, так как при связывании данные остатки находятся близко друг к другу. Они предполагают, что существующие множественные вариации связывания кольцевого зажима мотивом у разных полимераз опосредуется остатками на поверхности именно кольцевого зажима, и напрямую это связано с присутствием ДНК [10].

В исследованиях взаимодействия β-зажима с ДНК-лигазой у Helicobacter pylori, рядом с С- концом белка был идентифицирован мотив 554QEFIRSLF561, соответствующий консенсусной последовательности. ДНК-лигазы играют одну из ключевых ролей в системах репликаций и репараций ДНК, как у прокариот, так и у эукариот, и, в отличие от эукариотической лигазы, во взаимодействии с PCNA роль кольцевого зажима во взаимодействиях с ДНК-лигазой у бактерий плохо изучена. Для подтверждения существования связи авторы кристаллизировали Hpβ-сlamp с синтетическим пептидом, содержащим предполагаемый мотив 554QEFIRSLF56 из ДНК-лигазы. Результат показал наличие комплекса и то, что он так же, как и большинство белков, опосредуется преимущественно гидрофобными остатками. Авторы отметили важность таких остатков на мотиве, как Ile557, Leu560 и Phe561, подчеркивая, что именно они взаимодействуют с PBG кольцевого зажима. Примечательно то, что ранее аналогичный эксперимент на наличие комплекса MtbLigA-Mtbβ-сlamp белков у M. tuberculosis не нашел подтверждения [11].

Результаты анализа взаимодействия β-зажима и белком негативной регуляции инициации репликации Hda (белок, родственный DnaA) у E. coli подтвердили, что Hda напрямую связывается с β- зажимом через идентифицированный консенсусный CBM-мотив QL [SP] LPL, который ранее был так же идентифицирован в [6]. Выравнивание остатков показало то, что, в отличие от большинства других белков, предполагаемый мотив у белков семейства Hda располагается преимущественно на N- конце. Для того, чтобы доказать является ли выделенный мотив связующим кольцевой зажим, авторы индуцировали мутации на гекспапетиде Hda: заменили QLSLPL на QASAPA в первом мутанте и QLSLPL на QLSAAL во втором мутанте. Результаты показали, что данные замены нарушали способность Hda связываться с кольцевым зажимом. Во втором эксперименте были использованы синтетические пептиды, содержащие мотив, аналогичный гексапептиду мотива Hda. Авторы предполагали, что данные пептиды будут конкурировать за кольцевой зажим с Hda, тем самым нарушая способность последних образовывать комплекс. В результате было достигнуто 50 % ингибирование связывания между Hda и β-зажимом, подтверждающим то, что мотив является β-связующим [12].

PCNAPIP-мотив у эукариот

У эукариот и архей ядерный антиген пролиферирующих клеток (proliferating cell nuclear antigen, PCNA) собирается в гомотримерные кольца, каждый протомер состоит из двух идентичных доменов, соединенных междоменной соединительной петлей (IDCL) [5, 13]. PCNA, как и его аналог у бактерий, взаимодействует с белками-партнерами посредством связывания через PIP-мотив (PCNA– interacting protein motif, PIP-box). У PCNA их несколько, это канонический PIP-мотив — QххНххАА, где Н — это алифатический гидрофобный остаток (чаще всего I, L или M); А — ароматический гидрофобный остаток (F, W или Y); х — любая аминокислота [14, 15]. У некоторых белков репарации и репликации был идентифицирован новый мотив, взаимодействующий с PCNA, который получил название KAbox. Данный мотив встречается реже других и состоит из остатков КА-(A / L / I) — (A / L / Q) — x x — (L / V) [16, 17].

В иcследовании [18] авторы идентифицировали новый альтернативный мотив взаимодействия с PCNA–APIM (R / K- F / W / Y- L / I / V / A-L / I / V / A- K / R). Он содержит до 10 N-концевых аминокислот с высококонсервативным Phe и широко распространен так же, как и классический PIP-мотив, но, в отличие от классического PIP-мотива, который присутствует во многих белках репликации ДНК, APIM чаще встречается в репарационных белках, а также у белков, участвующих в контроле клеточного цикла [18]. Как и классический мотив, APIM связывается с PCNA, через его консервативный пептид-связывающий карман, который находится ниже междоменной соединительной петли (IDCL) [19, 20].

Сам белковый кольцевой зажим PCNA, в отличие от бактериального β-зажима, для взаимодействия с PIP-мотивом имеет три идентичных по структуре и функционированию пептид-связывающих карманов (PBG). Каждый карман находится по одному на каждом мономере белка, и потому PCNA способен одновременно связывать три разных лиганда [21].

Загрузчик зажима

Скользящие зажимы не могут свободно связываться с ДНК из-за своей замкнутой кольцевой формы [1, 22, 23], для этого им требуются АТФ-зависимые комплексы — загрузчики зажимов. Будучи членами AAA+ суперсемейства АТФаз, проявляя моторную и геликазную активность и способность разбирать белковые комплексы, загрузчики зажимов катализируют раскрытие скользящего зажима, загружают их на ДНК и замыкают кольцо вокруг него. У эукариот и архей загрузчик зажимов называется фактор репликации С (RFC), у бактерий — это комплекс γ/τ, а у вирусов — gp44/62 [24, 25]. Обычно AAA+ АТФазы создают гексамерные комплексы, но в комплексе β-зажимом загрузчик зажимов является пентамером. В отсутствие АТФ загрузчики зажима очень слабо взаимодействуют с кольцевыми зажимами, а при связывании АТФ они претерпевают конформационные изменения, которые обеспечивают оптимальное взаимодействие с С-концевой поверхностью зажима и способствуют его последующему раскрытию [26, 27].

Загрузчик бактериального зажима состоит из трех субъединиц — δ, δ′ и γ/τ, которые собираются в гетеропентамер δδ′(γ/τ) [26, 28–31]. Хотя субъединицы γ и τ кодируются одним и тем же геном, однако субъединица τ не участвует при загрузке зажима, и его урезание трансляционным сдвигом рамки считывания дает субъединицу γ. Таким образом, зажимный загрузчик, состоящий из δδ′γ, носит название γ-комплекс. Каждая субъединица γ-комплекса имеет одинаковую архитектуру, состоящую из трех отдельных доменов [26]. Субъединицы всего γ-комплекса связываются с β-зажимом, но δ- субъединица является основной точкой контакта и отвечает за раскрытие кольца. В отсутствие АТФ δ-субъединица спрятана внутри γ-комплекса, и связана с соседней δ'-субъединицей. При связывании АТФ взаимодействие между δ и δ’ нарушается, подставляя δ для связи с С-концевой поверхностью закрытого β-зажима. Далее CBM-мотив на δ-субъединице впоследствии связывается с любым пеп- тид-связывающим карманом на зажиме, дестабилизирует и открывает β-зажимное кольцо. После этого данный комплекс с открытым кольцевым зажимом специфически распознает и связывает ДНК, потом происходит гидролиз АТФ, который возвращает загрузчик зажима в низкоафинное состояние, которое приводит к его отсоединению, оставляя ДНК внутри раскрытого кольца. После отсоединения загрузчика электростатические взаимодействия между положительно заряженной внутренней поверхностью кольца скользящего зажима и отрицательно заряженной ДНК приводят к закрытию скользящего зажима вокруг ДНК [32–35].

Петля междоменного соединителя

β-зажим представляет собой димер, каждый мономер которого состоит из трех глобулярных доменов [1]. Между доменами каждого мономера есть по четыре петли междоменного соединителя (Inter-domain connector loop, IDCL). Димерное сопряжение состоит из связи β-нити имеющих принцип соединения «голова к хвосту», в результате чего образуется кольцевая форма. Область пептид- связующего кармана, взаимодействующего с CBM-мотивом, находится возле IDCL доменов II и III ( см. рис.). Данный карман состоит из двух субсайтов: субсайта I между доменами II и III, глубина ~8 Å×10 Å и 8,5 Å, и в домене III менее глубокого ~ 4,5 Å-субсайта II.

Каноническим мотивом пептидного взаимодействия является QL [SD] LF, где остатки LF связываются с субсайтом I пептид-связывающего кармана на втором домене, в то время как QL ориентированы на субсайт 2 пептид-связывающего кармана в третьем домене [36–39].

На рисунке ниже представлены архитектурные различия в прокариотических и эукариотических ДНК-зажимах, области связывания белка на зажимах. Доменная архитектура скользящих зажимов ДНК: (I) прокариотический мономер β-зажима PCNA состоит из 3 доменов, каждый из которых соединен петлей междоменного коннектора (IDCL). (II) димер бактериального зажима. Каждая субъединица здесь окрашена по-разному. Области взаимодействия с белками на зажиме показаны красным и голубым цветами. Красным отмечен субстайт I, а голубым — субсайт II на C-конце. Вместе они являются пептид-связывающим карманом (PBG). (III) зажим эукариотической ДНК, мономер ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA), состоит из двух доменов, соединенных IDCL.

(IV) PCNA человека является тримером. Области, взаимодействующие с белками, также обозначены как субсайт I (красный) и субсайт II (голубой) [9].

Заключение

Бактериальная реплисома является важным объектом для разработки новых антибиотиков для борьбы с лекарственно-устойчивыми штаммами, и бактериальные β-зажимы вызвали большой интерес как потенциальные мишени для антибактериальной терапии, поскольку являются важным компонентом репликативного и репарационного механизма: все пять ДНК-полимераз, включая множество других белков-партнеров, число которых продолжает расти, взаимодействуют с одним и тем же сайтом на зажиме, и, что особенно важно, ингибиторы связывания прокариотических белков не влияют на взаимодействия эукариотических PCNA-связывающих партнеров из-за отсутствия гомологии в последовательностях. Отсюда следует, что поиск новых белков партнеров, способных создавать комплексы с кольцевым зажимом через уникальные пептидные последовательности, — довольно актуальное направление в научной среде. Мы уже увидели, то, что остатки Leu и Phe этих последовательностей являются неотъемлемой частью связывающего взаимодействия. Рациональный дизайн ингибиторов пептид-связывающего кармана на основе таких тонких аспектов связывания мотивом может привести к разработке, как антибиотиков широкого спектра, так и видоспецифичных антибиотиков.

Исследование в первую очередь делает вклад не только для дальнейшего понимания внутриклеточных механизмов бактерий, но и, в частности, для подробного изучения бактериальной репарации и репликации ДНК как ключа для понимания устойчивости патогенов человеческого организма.

Исследование выполнено при финансовой поддержке Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан. (Грант № AP08856811).

 

Список литературы

  1. Kong, X.P., Onrust, R., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (1992). Three-dimensional structure of the beta subunit of E. coli DNA polymerase III holoenzyme: a sliding DNA clamp. Cell69 (3); 425–437. https://doi.org/10.1016/0092–8674(92)90445-i
  2. Goedken, E.R., Kazmirski, S.L., Bowman, G.D., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (2005). Mapping the interaction of DNA with the Escherichia coli DNA polymerase clamp loader complex. Nature structural & molecular biology12(2); 183–190. https://doi.org/10.1038/nsmb889
  3. Moldovan, G.L., Pfander, B., & Jentsch, S. (2007). PCNA, the maestro of the replication fork. Cell129(4); 665–679. https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.003
  4. Mizrahi, V., Henrie, R.N., Marlier, J.F., Johnson, K.A., & Benkovic, S. J. (1985). Rate-limiting steps in the DNA polymerase I reaction pathway. Biochemistry24(15); 4010–4018. https://doi.org/10.1021/bi00336a031
  5. Hedglin, M., Kumar, R., & Benkovic, S.J. (2013). Replication clamps and clamp loaders. Cold Spring Harbor perspectives in biology5(4); a010165. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a010165
  6. Dalrymple, B.P., Kongsuwan, K., Wijffels, G., Dixon, N.E., & Jennings, P.A. (2001). A universal protein-protein interaction motif in the eubacterial DNA replication and repair systems. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America98(20); 11627–11632. https://doi.org/10.1073/pnas.191384398
  7. Johnson, R.E., Kovvali, G.K., Guzder, S.N., Amin, N.S., Holm, C., Habraken, Y., Sung, P., Prakash, L., & Prakash, S. (1996). Evidence for involvement of yeast proliferating cell nuclear antigen in DNA mismatch repair. The Journal of biological chemistry271 (45); 27987–27990. https://doi.org/10.1074/jbc.271.45.27987
  8. Clark, A.B., Valle, F., Drotschmann, K., Gary, R.K., & Kunkel, T.A. (2000). Functional interaction of proliferating cell nuclear antigen with MSH2-MSH6 and MSH2-MSH3 complexes. The Journal of biological chemistry275(47); 36498–36501. https://doi.org/10.1074/jbc.C000513200
  9. Khanam, T., Rai, N., & Ramachandran, R. (2015). Mycobacterium tuberculosis class II apurinic/apyrimidinic- endonuclease/3'-5' exonuclease III exhibits DNA regulated modes of interaction with the sliding DNA β-clamp. Molecular microbiology98(1); 46–68. https://doi.org/10.1111/mmi.13102
  10. Patoli, A.A., Winter, J.A., & Bunting, K.A. (2013). The UmuC subunit of the E. coli DNA polymerase V shows a unique interaction with the β-clamp processivity factor. BMC structural biology13; 12. https://doi.org/10.1186/1472–6807–13–12
  11. Pandey, P., Tarique, K.F., Mazumder, M., Rehman, S.A., Kumari, N., & Gourinath, S. (2016). Structural insight into β-Clamp and its interaction with DNA Ligase in Helicobacter pyloriScientific reports6; 31181. https://doi.org/10.1038/srep31181
  12. Kurz, M., Dalrymple, B., Wijffels, G., & Kongsuwan, K. (2004). Interaction of the sliding clamp beta-subunit and Hda, a DnaA-related protein. Journal of bacteriology186 (11); 3508–3515. https://doi.org/10.1128/JB.186.11.3508-3515.2004
  13. Matsumiya, S., Ishino, Y., & Morikawa, K. (2001). Crystal structure of an archaeal DNA sliding clamp: proliferating cell nuclear antigen from Pyrococcus furiosusProtein science: a publication of the Protein Society10(1); 17–23. https://doi.org/10.1110/ps.36401
  14. De Biasio, A., & Blanco, F.J. (2013). Proliferating cell nuclear antigen structure and interactions: too many partners for one dancer? Advances in protein chemistry and structural biology91; 1–36. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-411637-5.00001-9
  15. Havens, C.G., & Walter, J.C. (2009). Docking of a specialized PIP Box onto chromatin-bound PCNA creates a degron for the ubiquitin ligase CRL4Cdt2. Molecular cell35 (1); 93–104. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2009.05.012
  16. Liang, Z., Diamond, M., Smith, J.A., Schnell, M., & Daniel, R. (2011). Proliferating cell nuclear antigen is required for loading of the SMCX/KMD5C histone demethylase onto chromatin. Epigenetics & chromatin4(1); 18. https://doi.org/10.1186/1756- 8935-4-18
  17. De Biasio, A., Campos-Olivas, R., Sánchez, R., López-Alonso, J.P., Pantoja-Uceda, D., Merino, N., Villate, M., Martin- Garcia, J.M., Castillo, F., Luque, I., & Blanco, F.J. (2012). Proliferating cell nuclear antigen (PCNA) interactions in solution studied by NMR. PloS one7(11); e48390. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0048390
  18. Gilljam, K.M., Feyzi, E., Aas, P.A., Sousa, M.M., Müller, R., Vågbø, C.B., Catterall, T.C., Liabakk, N.B., Slupphaug, G., Drabløs, F., Krokan, H.E., & Otterlei, M. (2009). Identification of a novel, widespread, and functionally important PCNA-binding motif. The Journal of cell biology186 (5); 645–654. https://doi.org/10.1083/jcb.200903138
  19. Müller, R., Misund, K., Holien, T., Bachke, S., Gilljam, K.M., Våtsveen, T.K., Rø, T.B., Bellacchio, E., Sundan, A., & Otterlei, M. (2013). Targeting proliferating cell nuclear antigen and its protein interactions induces apoptosis in multiple myeloma cells. PloS one8(7); e70430. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0070430
  20. Sebesta, M., Cooper, C., Ariza, A., Carnie, C.J., & Ahel, D. (2017). Structural insights into the function of ZRANB3 in replication stress response. Nature communications,8; 15847. https://doi.org/10.1038/ncomms15847
  21. Stodola, J.L., & Burgers, P.M. (2016). Resolving individual steps of Okazaki-fragment maturation at a millisecond timescale. Nature structural & molecular biology23(5); 402–408. https://doi.org/10.1038/nsmb.3207
  22. Onrust, R., Stukenberg, P.T., & O'Donnell, M. (1991). Analysis of the ATPase subassembly which initiates processive DNA synthesis by DNA polymerase III holoenzyme. The Journal of biological chemistry266(32); 21681–21686.
  23. Stukenberg, P.T., Studwell-Vaughan, P.S., & O'Donnell, M. (1991). Mechanism of the sliding beta-clamp of DNA polymerase III holoenzyme. The Journal of biological chemistry266(17); 11328–11334.
  24. Neuwald, A.F., Aravind, L., Spouge, J.L., & Koonin, E.V. (1999). AAA+: A class of chaperone-like ATPases associated with the assembly, operation, and disassembly of protein complexes. Genome research9 (1); 27–43.
  25. Erzberger, J.P., & Berger, J.M. (2006). Evolutionary relationships and structural mechanisms of AAA+ proteins. Annual review of biophysics and biomolecular structure35; 93–114. https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.35.040405.101933
  26. Bowman, G.D., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (2004). Structural analysis of a eukaryotic sliding DNA clamp-clamp loader complex. Nature429 (6993); 724–730. https://doi.org/10.1038/nature02585
  27. Simonetta, K.R., Kazmirski, S.L., Goedken, E.R., Cantor, A.J., Kelch, B.A., McNally, R., Seyedin, S.N., Makino, D.L., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (2009). The mechanism of ATP-dependent primer-template recognition by a clamp loader complex. Cell137(4); 659–671. https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.03.044
  28. Jeruzalmi, D., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (2001). Crystal structure of the processivity clamp loader gamma (gamma) complex of E. coli DNA polymerase III. Cell106 (4); 429–441. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(01)00463-9
  29. Oyama, T., Ishino, Y., Cann, I.K., Ishino, S., & Morikawa, K. (2001). Atomic structure of the clamp loader small subunit from Pyrococcus furiosusMolecular cell8 (2); 455–463. https://doi.org/10.1016/s1097-2765(01)00328-8
  30. Seybert, A., Singleton, M.R., Cook, N., Hall, D.R., & Wigley, D.B. (2006). Communication between subunits within an ar- chaeal clamp-loader complex. The EMBO journal25 (10); 2209–2218. https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601093
  31. Guenther, B., Onrust, R., Sali, A., O'Donnell, M., & Kuriyan, J. (1997). Crystal structure of the delta' subunit of the clamploader complex of E. coli DNA polymerase III. Cell91 (3); 335–345. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)80417-1
  32. Leu, F.P., Hingorani, M.M., Turner, J., & O'Donnell, M. (2000). The delta subunit of DNA polymerase III holoenzyme serves as a sliding clamp unloader in Escherichia coliThe Journal of biological chemistry275(44); 34609–34618. https://doi.org/10.1074/jbc.M005495200
  33. Turner, J., Hingorani, M.M., Kelman, Z., & O'Donnell, M. (1999). The internal workings of a DNA polymerase clamploading machine. The EMBO journal18 (3); 771–783. https://doi.org/10.1093/emboj/18.3.771
  34. Stewart, J., Hingorani, M.M., Kelman, Z., & O'Donnell, M. (2001). Mechanism of beta clamp opening by the delta subunit of Escherichia coli DNA polymerase III holoenzyme. The Journal of biological chemistry276(22); 19182–19189. https://doi.org/10.1074/jbc.M100592200
  35. Leu, F.P., & O'Donnell, M. (2001). Interplay of clamp loader subunits in opening the beta sliding clamp of Escherichia coli DNA polymerase III holoenzyme. The Journal of biological chemistry276 (50); 47185–47194. https://doi.org/10.1074/jbc.M106780200
  36. Bunting, K.A., Roe, S.M., & Pearl, L.H. (2003). Structural basis for recruitment of translesion DNA polymerase Pol IV/DinB to the beta-clamp. The EMBO journal, 22 (21); 5883–5892. https://doi.org/10.1093/emboj/cdg568
  37. Burnouf, D.Y., Olieric, V., Wagner, J., Fujii, S., Reinbolt, J., Fuchs, R.P., & Dumas, P. (2004). Structural and biochemical analysis of sliding clamp/ligand interactions suggest a competition between replicative and translesion DNA polymerases. Journal of molecular biology335 (5); 1187–1197. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.11.049
  38. Georgescu, R.E., Yurieva, O., Kim, S.S., Kuriyan, J., Kong, X.P., & O'Donnell, M. (2008). Structure of a small-molecule inhibitor of a DNA polymerase sliding clamp. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America105(32); 11116–11121. https://doi.org/10.1073/pnas.0804754105
  39. Altieri, A.S., & Kelman, Z. (2018). DNA Sliding Clamps as Therapeutic Targets. Frontiers in molecular biosciences5; 87. https://doi.org/10.3389/fmolb.2018.00087

Разделы знаний

Архитектура

Научные статьи по Архитектуре

Биология

Научные статьи по биологии 

Военное дело

Научные статьи по военному делу

Востоковедение

Научные статьи по востоковедению

География

Научные статьи по географии

Журналистика

Научные статьи по журналистике

Инженерное дело

Научные статьи по инженерному делу

Информатика

Научные статьи по информатике

История

Научные статьи по истории, историографии, источниковедению, международным отношениям и пр.

Культурология

Научные статьи по культурологии

Литература

Литература. Литературоведение. Анализ произведений русской, казахской и зарубежной литературы. В данном разделе вы можете найти анализ рассказов Мухтара Ауэзова, описание творческой деятельности Уильяма Шекспира, анализ взглядов исследователей детского фольклора.  

Математика

Научные статьи о математике

Медицина

Научные статьи о медицине Казахстана

Международные отношения

Научные статьи посвященные международным отношениям

Педагогика

Научные статьи по педагогике, воспитанию, образованию

Политика

Научные статьи посвященные политике

Политология

Научные статьи по дисциплине Политология опубликованные в Казахстанских научных журналах

Психология

В разделе "Психология" вы найдете публикации, статьи и доклады по научной и практической психологии, опубликованные в научных журналах и сборниках статей Казахстана. В своих работах авторы делают обзоры теорий различных психологических направлений и школ, описывают результаты исследований, приводят примеры методик и техник диагностики, а также дают свои рекомендации в различных вопросах психологии человека. Этот раздел подойдет для тех, кто интересуется последними исследованиями в области научной психологии. Здесь вы найдете материалы по психологии личности, психологии разивития, социальной и возрастной психологии и другим отраслям психологии.  

Религиоведение

Научные статьи по дисциплине Религиоведение опубликованные в Казахстанских научных журналах

Сельское хозяйство

Научные статьи по дисциплине Сельское хозяйство опубликованные в Казахстанских научных журналах

Социология

Научные статьи по дисциплине Социология опубликованные в Казахстанских научных журналах

Технические науки

Научные статьи по техническим наукам опубликованные в Казахстанских научных журналах

Физика

Научные статьи по дисциплине Физика опубликованные в Казахстанских научных журналах

Физическая культура

Научные статьи по дисциплине Физическая культура опубликованные в Казахстанских научных журналах

Филология

Научные статьи по дисциплине Филология опубликованные в Казахстанских научных журналах

Философия

Научные статьи по дисциплине Философия опубликованные в Казахстанских научных журналах

Химия

Научные статьи по дисциплине Химия опубликованные в Казахстанских научных журналах

Экология

Данный раздел посвящен экологии человека. Здесь вы найдете статьи и доклады об экологических проблемах в Казахстане, охране природы и защите окружающей среды, опубликованные в научных журналах и сборниках статей Казахстана. Авторы рассматривают такие вопросы экологии, как последствия испытаний на Чернобыльском и Семипалатинском полигонах, "зеленая экономика", экологическая безопасность продуктов питания, питьевая вода и природные ресурсы Казахстана. Раздел будет полезен тем, кто интересуется современным состоянием экологии Казахстана, а также последними разработками ученых в данном направлении науки.  

Экономика

Научные статьи по экономике, менеджменту, маркетингу, бухгалтерскому учету, аудиту, оценке недвижимости и пр.

Этнология

Научные статьи по Этнологии опубликованные в Казахстане

Юриспруденция

Раздел посвящен государству и праву, юридической науке, современным проблемам международного права, обзору действующих законов Республики Казахстан Здесь опубликованы статьи из научных журналов и сборников по следующим темам: международное право, государственное право, уголовное право, гражданское право, а также основные тенденции развития национальной правовой системы.