В 1951 году выходят приказы М3 СССР от 14 июля № 643 и М3 Казахской ССР от 23 июля № 667, согласно которым организуются Республиканское бюро судебно-медицинской экспертизы при Министерстве здравоохранения КазССР, а при областных здравотделах создаются областные бюро судебно-медицинской экспертизы.
Одним из них было Южно-Казахстанское бюро судебно-медицинской экспертизы при областном отделе здравоохранения, начавшее свою деятельность в 1952 году. В течение нескольких лет после организации в Чимкентской области службы судебно-медицинской экспертизы назрела необходимость создания судебно-медицинской лаборатории бюро СМЭ. Согласно приказу министра здравоохранения Казахской ССР № 83 от 06 апреля 1957 года, предусматривающему «.организацию межобластных судебномедицинских лабораторий (с отделениями судебно-химическим и судебно-биологическим) при Чимкентском облздравотделе.», в июле 1957 года такая лаборатория была создана. На этапах ее развития можно проследить историю судебно-химической службы Южно-Казахстанской области. Основателем судебно-химического отделения и первым его сотрудником стала приехавшая в 1957 году по направлению выпускница фармацевтического факультета АГМИ И.Л. Бринь.
Рождение и становление лаборатории было трудным, но желание и необходимость обязывали преодолевать все возникающие препятствия. Проблемным было все, поскольку лаборатория создавалась с нуля. Была выделена неприспособленная комната при втором городском отделении милиции. Большую помощь в организации оказали руководители Чимкентского свинцового завода им. М.И. Калинина, через три месяца отделение стало функционировать в полную силу. В зону обслуживания вошли бюро судебно-медицинской экспертизы, ЛПУ, органы следствия, прокуратуры и УВД Чимкентской, Джамбульской, Кызыл-Ординской областей. В 1987 году судебно-химическое отделение переехало в новое типовое здание областного бюро судебно-медицинской экспертизы. Для него было выделено девять специально оборудованных комнат. В лаборатории установлены мощные вытяжные шкафы, импортные оборудования модульной системы, новейшая химическая аппаратура, которую используют в своих исследованиях квалифицированные эксперты-химии. Лаборатория в числе первых в республике стала определять этиловый алкоголь и его суррогаты газохроматографическим методом. Судебно-химическая лаборатория является единственной в области по определению мышьяка в крови, волосах, ногтях и выделениях человека. Сотрудники отделения постоянно оказывают большую практическую помощь органам здравоохранения (по вопросам отравления ядами, карбоксигемоглабином и т.д.) и органам внутренних дел, прокуратуры, таможенного управления (при выявлении контрабанды наркотиков и спиртосодержащей продукции).
На базе лаборатории ежегодно проходят производственную практику студенты Южно-Казахстанской фармацевтической академии. В 2010 году Южно-Казахстанский филиал «Центра судебной медицины» М3 РК был реорганизован в Республиканское Государственное Казенное Предприятие «Центра судебной медицины» М3 РК (ЮКФ РГКП «ЦСМ» М3 РК). В связи с этим судебно-химическому отделению было разрешено оказывать платные услуги населению по определению этилового спирта и его суррогатов, ядовитых и наркотических веществ. Лаборатория оснащена современной аппаратурой: газовый хроматограф «Agilent 6850» производство США, газовый хроматограф «Кристалл люкс 4000 М» производство Россия, спектрофотометр «Specord 205» производство США, шкаф сушильный ШС-80-1, дистиллятор классический, магнитная мешалка, центрифуга лабораторная, весы электронные-аналитические, прибор для очистки дистиллированной воды.
В отделении освоена методика определения летучих токсикологических ядов, сильнодействующих и наркотических веществ газохроматографическим методом. Внедрены новые методы исследования наркотических веществ - иммуно-хроматографические тесты для определения опийных алкалоидов, каннабиноидов и производных амфетамина. Экспертам-химикам приходится встречаться с случаями отравлении различными лекарственными и наркотическими средствами, фосфорорганическими соединениями, препаратами бытовой химии и ядами растительного происхождения (аконитин и т.д.). Сотрудники судебнохимического отделения проходят специализации и усовершенствования в республиканских ВУ3ах, а также за рубежом. В настоящее время в химическом отделении Южно-Казахстанского филиала ЦСМ М3 РК работают 8 высококвалифицированных экспертов-химиков с большим опытом практической работы. Один эксперт-химик имеет высшую квалификационную категорию, пять экспертов - первую квалификационную категорию, один эксперт-вторую квалификационную категорию.
Основными направлениями деятельности судебно-химического отделения в настоящее время являются: научно-исследовательское, связанное с разработкой теоретических и методических проблем судебной химии; научно-методическое, предусматривающее подготовку и повышение квалификации экспертных кадров, а также научно-практическое, заключающееся в проведении исследований для целей судопроизводства. Сотрудники судебно-химического отделения ЮКФ РГКП «ЦСМ» М3 РК пользуются большим уважением и авторитетом среди коллег в Республике.