Управление региональной экономикой является сложной и многогранной проблемой, в которой переплетаются организационные, экономические, социальные вопросы, для решения которых целесообразно использовать системный подход. Поэтому системный анализ может стать универсальной методологией в управлении регионом, которая формирует образ мышления, рассматривающий в единстве все явления внешней и внутренней среды. При этом системное управление регионом предполагает охват всех явлений как единого целого, их объективная оценка, учет всех переменных, предвидение новых тенденций.
Методы системного анализа применяются часто в тех или иных науках. Новым является использование процедур с целью выявления последствий различных решений, для предотвращения нерациональных действий. Например, аким области принял решение снести старую часть города и отдать землю через аукцион предпринимателям для возведения элитного жилья. Это привело к недовольству населения микрорайона и стихийным митингам. Налицо факт нарушения подсистемы (микрорайона) как части системы (города). Использование системного анализа в данном случае помогает избежать конфликты или уменьшить последствия непопулярных действий [1].